Debido a la suspensión de labores en los juzgados y tribunales federales, cerca de 40 mil casos diarios quedarán sin atención, incluyendo algunos de los más relevantes de este sexenio, como los de Ayotzinapa, Mario Aburto, Emilio Lozoya y Carlos Ahumada. El Consejo de la Judicatura Federal (CJF) anunció recientemente, a través de una circular, que los juzgados y tribunales deben atender únicamente casos urgentes, como la calificación de detenciones, vinculaciones a proceso, medidas cautelares relacionadas con la prisión preventiva y decisiones sobre extradición, entre otros.
Sin embargo, audiencias de tipo intermedio, como la del ex procurador general de la República, Jesús Murillo Karam, no se consideran dentro de estas excepciones. Murillo Karam enfrenta dos procesos judiciales relacionados con el caso Ayotzinapa, y aunque la Fiscalía General de la República (FGR) planeaba formalizar las acusaciones el 20 de agosto, la audiencia fue suspendida debido al acuerdo entre jueces y magistrados para detener labores en protesta contra la reforma al Poder Judicial de la Federación (PJF) impulsada por Morena en la Cámara de Diputados.
En el caso de Emilio Lozoya, ex director de Petróleos Mexicanos (Pemex), también se ven afectados los procedimientos. Lozoya enfrenta cargos por los casos Odebrecht y Agronitrogenados, y el Ministerio Público Federal ha solicitado penas de 46 y 15 años de prisión, respectivamente. Sin embargo, la apertura del juicio oral no puede proceder debido a que Lozoya promovió amparos y obtuvo suspensiones que deben resolverse primero, lo que, al no ser considerado urgente, retrasa el proceso.
El caso de Mario Aburto Martínez, quien confesó haber asesinado al ex candidato presidencial del PRI, Luis Donaldo Colosio, en 1994, también se encuentra en pausa. Aburto presentó dos amparos para impedir que la Fiscalía General de la República cierre la investigación contra ex funcionarios que presuntamente lo torturaron tras su arresto. Aunque las demandas fueron aceptadas por el Juzgado Segundo de Distrito de Amparo en Materia Penal de la Ciudad de México, el caso no avanza debido a que no se considera urgente.
Por otro lado, el amparo promovido por Carlos Ahumada contra una orden de reaprehensión también está detenido. Ahumada, empresario mexicano de origen argentino, cuenta con una suspensión definitiva que impide su arresto. A pesar de que debe comparecer ante un juez de ejecución de sanciones en el reclusorio Norte el 27 de agosto, no podrá ser detenido debido a la situación actual.
Asimismo, el amparo de María Amparo Casar, presidenta de Mexicanos contra la Corrupción y la Impunidad, en el que busca que Pemex le pague las pensiones pendientes, está igualmente suspendido. Además, los casos contra militares involucrados en delitos relacionados con el caso Ayotzinapa también están en espera debido a la suspensión de actividades en los tribunales.